Предполагается, что Программа будет реализована в течение 2007-2009 годов. Реализация Программы при этом будет осуществлена в три этапа: первый этап - 2007 год; второй этап - 2008 год; третий этап - 2009 год.
Разбивка программных мероприятий на этапы осуществляется с учетом возможности их финансового обеспечения, нормативного сопровождения, а также необходимости проведения подготовительных мероприятий для их реализации.
На первом этапе (2007 год) проводятся основные организационные мероприятия, готовятся технические задания для исполнителей. Кроме этого, ведется разработка проектов нормативных правовых актов в области инвестиционной и инновационной деятельности.
Второй этап (2008 год) является наиболее активной фазой реализации Программы. На этом этапе проводятся основные программные мероприятия. На второй этап приходятся основные затраты на реализацию Программы.
На третьем этапе (2009 год) производится завершение ранее начатых мероприятий, осуществляется фиксация достигнутых положительных результатов и принятие альтернативных мер в случае отсутствия
запланированных результатов при реализации отдельных, изначально выбранных в качестве основных, программных мероприятий. В эти же сроки формируется отчетность по выполнению Программы, а также предложения по дальнейшим действиям и планам.