Поэтапный контроль за выполнением плана мероприятий Программы осуществляется главой администрации города и межведомственной рабочей группой. Отраслевые управления администрации ежемесячно представляют межведомственной рабочей группе информацию о проведенной согласно плану работе, а также пояснения о причинах невыполнения того или иного мероприятия при наличии таковых.
В ходе заседаний межведомственной рабочей группы проводится обсуждение представленной информации о ходе реализации Программы, заслушиваются отчеты ответственных исполнителей. По итогам заседаний принимаются соответствующие решения и рекомендации. Председатель межведомственной рабочей группы осуществляет постоянный контроль за выполнением мероприятий Программы и ежемесячно представляет главе администрации города отчет об их выполнении.
Факты невыполнения плана мероприятий или положений Программы также отражаются в отчете межведомственной рабочей группы с указанием причин невыполнения и лиц, допустивших невыполнение. К должностным лицам, не обеспечившим в установленные сроки исполнение предусмотренных Программой мероприятий или допустившим нецелевое использование средств, выделенных на реализацию Программы, применяются меры дисциплинарного воздействия.