Управление реализацией Программы осуществляет государственный заказчик. Контроль за реализацией Программы осуществляется в установленном порядке.
Неотъемлемым элементом механизма управления Программой является социально-экономический мониторинг последствий ее реализации. Мониторинг выявляет последствия реализации тех или иных мер, на основе которых производится анализ экономической и социальной ситуации в сельской местности. На основе результатов анализа в Программу своевременно вносятся соответствующие коррективы.
Государственный заказчик Программы разрабатывает и доводит до организаций АПК области формы отчетных документов, подтверждающих выполнение программных мероприятий.
Государственный заказчик Программы ежегодно по итогам отчетного года направляет в департамент экономического развития при Правительстве области информацию о финансировании и выполнении Программы для обобщения и представления Правительству области.