Прикладные информационные системы формируются по службам.
Базовая информационная система используется для генерации необходимых данных, организации и согласования взаимодействия с другими службами. На первом этапе Прикладные системы формируются в виде небольших по объему и сложности проектов. Второй этап - на базе опыта, приобретенного в результате работы над проектом, формируется полноценная Прикладная информационная система, работающая на сервере базовой информационной системы. На третьем этапе возможно выделение Прикладной системы как удаленного рабочего места информационной системы с созданием своей локальной сети.