Существует риск несоответствия фактических результатов реализации ведомственных и долгосрочных целевых программ запланированным в связи с их финансированием не в полном объеме из-за дефицита бюджетных средств.
Определенные риски связаны с возможным низким качеством разработки ведомственных и долгосрочных целевых программы, что может поставить под сомнение эффективность программно-целевого планирования.
В этой связи планируется оказание консультационной и методической помощи разработчикам программ, внедрение программного обеспечения, облегчающего составление ведомственных целевых программ.