Основные риски перевода бюджетных учреждений, предоставляющих социальные услуги, в форму автономных учреждений связаны с отсутствием у работников бюджетных учреждений инициативы и навыков работать самостоятельно.
Обретение бюджетными учреждениями статуса автономного будет связано с возникновением дополнительных издержек, в том числе связанных с государственной регистрацией, уплатой лицензионных сборов, открытием счетов, созданием автономной системы отчета и т.д. Поэтому при планировании такого перевода нужно быть готовым к их компенсации.
Снижению уровня рисков будет способствовать обеспечение тщательного контроля за соблюдением в автономных учреждениях прав работников, определенных действующим законодательством, со стороны соответствующих компетентных органов и профсоюзов. Необходимо повысить уровень ответственности руководителей бюджетных учреждений за конечный результат, что позволит провести ротацию руководящих кадров в бюджетной сфере, привлечь молодых и инициативных специалистов, владеющих навыками маркетинга и менеджмента, и снизит ее привлекательность для неэффективных администраторов. На снижение рисков утраты контроля за оказанием услуг повлияет тщательная проработка контрактной и конкурсной документации, условий договоров на предоставление исполнителями государственных услуг.