Организация управления программой осуществляется заказчиком программы - министерством сельского хозяйства области совместно с министерством конкурентной политики и тарифов области.
Министерство сельского хозяйства области координирует реализацию программы и осуществляет контроль за выполнением программных мероприятий в соответствии с действующим порядком реализации областных целевых программ, ежеквартально до 10 числа месяца и ежегодно до 20 числа месяца, следующего за отчетным периодом, направляет в министерство экономического развития области отчеты о ходе (итогах) выполнения целевых показателей (индикаторов) областной целевой программы, эффективности использования средств областного бюджета, а также статистическую, справочную и аналитическую информацию о реализации областной целевой программы.