Основными задачами управления являются:
2.1. Реализация основных направлений единой государственной политики в сфере здравоохранения на территории Калужской области в части обеспечения в пределах своей компетенции контроля за соответствием качества оказываемой медицинской помощи установленным федеральным стандартам в сфере здравоохранения, а также лицензирования медицинской деятельности, фармацевтической деятельности и деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ.
2.2. Обеспечение соблюдения законодательства в сфере здравоохранения на территории Калужской области.