Организация управления программой осуществляется заказчиком программы - министерством сельского хозяйства Калужской области - в соответствии с Положением о порядке разработки, рассмотрения и реализации областных целевых программ, утвержденным постановлением Губернатора Калужской области от 02 февраля 2005 года № 33 (в редакции постановлений Губернатора Калужской области от 06 мая 2005 года № 179, от 04 августа 2006 года № 285).
Министерство сельского хозяйства Калужской области координирует реализацию программы и осуществляет контроль за выполнением программных мероприятий в соответствии с действующим порядком реализации областных целевых программ, ежеквартально до 10 числа месяца и ежегодно до 20 числа месяца, следующего за отчетным периодом, направляет в министерство экономического развития Калужской области отчеты о ходе (итогах) выполнения целевых показателей (индикаторов) областных целевых программ, эффективности использования средств областного бюджета, а также статистическую, справочную и аналитическую информацию о реализации областной целевой программы.