Контроль за эффективным использованием средств, выделяемых на реализацию программы, будет осуществляться в соответствии с действующим законодательством. В ходе выполнения основных мероприятий программы, управление и контроль за исполнением осуществляет ФГУ "Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора в Калужской области", комитет ветеринарии при Правительстве области и Калужский филиал ФГУ "Росгоскарантин". Справочная и аналитическая информация о ходе выполнения программы передается в Правительство области через министерство здравоохранения и социального развития области.