Департамент здравоохранения и лекарственного обеспечения Калужской области контролирует ход выполнения программы, освоение средств и реализацию намеченных мероприятий. Ежегодно департамент предоставляет в Правительство области и Министерство здравоохранения Российской Федерации доклад о ходе реализации программы и эффективности использования финансовых средств.