3.1. С целью оптимизации вопросов сохранения природных комплексов, редких и ценных объектов растительного и животного мира, ведения пойменных экосистем на территории заказника устанавливается дифференцированный режим охраны.
3.2. Территория заказника разделяется на четыре функциональные зоны:
- зона лесных и водно-болотных экосистем (юго-восточная зона строгой охраны) - зона строгой охраны лесных и водно-болотных экосистем;
- зона карстовых озёр (северная зона строгой охраны) - зона строгой охраны карстовых озёр;
- зона регулируемого природопользования;
- зона пойменных экосистем - зона охраны пойменных экосистем.
3.3. Зона строгой охраны лесных и водно-болотных экосистем площадью 12200 га выделяется с целью сохранения в естественном состоянии водно-болотных угодий и лесных экосистем поймы рек Клязьмы и Лух и их надпойменных террас, а также обеспечения охраны и воспроизводства представителей растительного и животного мира, обитающих на этой территории или мигрирующих через неё.
3.4. Зона строгой охраны карстовых озёр площадью 5000 га выделяется с целью усиленной охраны комплекса уникальных карстовых озёр Кщарской группы, других водно-болотных угодий и лесных экосистем, редких и исчезающих видов растений и животных, обитающих на этом участке заказника или мигрирующих через него, а также с целью организации экологического туризма в формах, не оказывающих существенного негативного воздействия на экосистемы и отдельные их компоненты.
3.5. Зона регулируемого природопользования площадью 21550 га выделяется с целью соблюдения щадящего режима использования природных ресурсов, ограниченного ведения лесного и охотничьего хозяйства, организации экологического туризма в формах, не нарушающих общего природоохранного режима заказника и способствующих минимизации негативного воздействия на экосистемы и биоразнообразие.
3.6. Зона охраны пойменных экосистем площадью 4700 га выделяется с целью сохранения пойменных экосистем р. Клязьмы и оз. Великого, редких и исчезающих видов растений и животных, обитающих на данной территории или мигрирующих через неё, а также в целях ограниченного ведения сельского, лесного и охотничьего хозяйства, организации экологического туризма, рационального использования природных ресурсов в формах, не нарушающих исторически сложившихся взаимосвязей в природных и природно-антропогенных комплексах.
3.7. Границы зоны строгой охраны лесных и водно-болотных экосистем.
Граница зоны строгой охраны лесных и водно-болотных экосистем проходит в южном направлении от северо-восточного угла квартала 218 Яропольского участкового лесничества Гороховецкого военного лесничества по левому берегу р. Лух до юго-восточного угла квартала 130 Заклязьминского участкового лесничества Вязниковского лесничества. Далее поворачивает на запад по южным границам кварталов 126, 120, 125, 119-117, 107, 106, 95 и выходит на юго-восточный берег оз. Великого. Далее граница идёт на север по восточному берегу оз. Великого до места впадения в него ручья Юхорец (Юхорский исток). Затем граница направляется вверх по течению ручья Юхорец до места впадения в него ручья Польский, продолжается в северо-восточном направлении по ручью Польский до северо-западного угла квартала 193 Яропольского участкового лесничества Гороховецкого военного лесничества. Далее граница следует на восток по северным границам кварталов 193-201 до пересечения с р. Лух.
3.8. Границы зоны строгой охраны карстовых озёр.
Западная и северная границы зоны строгой охраны карстовых озёр проходят по административной границе между Владимирской и Ивановской областями от юго-западного угла квартала 37 Заклязьминского участкового лесничества Вязниковского лесничества до северо-восточного угла квартала 5 Яропольского участкового лесничества Гороховецкого военного лесничества. Далее граница поворачивает на юг и идёт по восточной границе кварталов 5, 17, 30, 45, 64, 87, 109, затем поворачивает на запад и идёт по южной границе кварталов 109, 108 до юго-западного угла квартала 108. Далее поднимается на север по западной границе кварталов 108, 86 и направляется на запад по южной границе кварталов 62-56, поворачивает на север вдоль западной границы квартала 56 до юго-западного угла квартала 37 Гороховецкого военного лесничества.
3.9. Границы зоны регулируемого природопользования.
Граница зоны регулируемого природопользования начинается от северо-восточного угла квартала 5 Гороховецкого военного лесничества, проходит по административной границе между Владимирской и Ивановской областями до пересечения с р. Лух. Затем она направляется на юг по левому берегу р. Лух до пересечения с южной границей квартала 181 Гороховецкого военного лесничества. Далее на запад граница зоны идёт по южным границам кварталов 181-173. От юго-западного угла квартала 173 граница проходит по ручью Польский до места его впадения в ручей Юхорец и далее идёт по ручью Юхорец до пересечения с южной границей квартала 70 Заклязьминского участкового лесничества Вязниковского лесничества. Затем по окраине леса кварталов 70 и 69 граница огибает д. Ново с севера и выходит на грунтовую дорогу, соединяющую д. Ново с д. Лужки. По этой дороге граница проходит на северо-запад до пересечения с границей квартала 48, далее по южным границам кварталов 48-46 проходит до юго-восточного угла квартала 46, далее по границе земель Заклязьминского участкового лесничества Вязниковского лесничества на запад до юго-западного угла квартала 40 Заклязьминского участкового лесничества. Затем граница идёт на север по западной границе кварталов 40, 34, 27, 23 до д. Бурино, огибая её с востока, до юго-восточного угла квартала 15, далее на запад по южной границе квартала 15, огибает его с запада, проходит по южной границе кварталов 10 и 7, далее огибает с востока, юга и запада квартал 6 и поднимается на север вдоль западной границы квартала 2, огибает его с севера и по северной границе кварталов 3 и 4 идёт на восток до юго-западного угла квартала 1. Затем вновь поворачивает на север и огибает квартал 1 Заклязьминского участкового лесничества Вязниковского лесничества вдоль его западной и северной границ до пересечения с юго-западным углом квартала 37 Яропольского участкового лесничества Гороховецкого военного лесничества. Далее направляется на юг до юго-западного угла квартала 56 Яропольского участкового лесничества, затем поворачивает на восток, идёт по южным границам кварталов 56-62 и поворачивает на юг по восточным границам кварталов 85, 107 Гороховецкого военного лесничества. Далее граница зоны идёт по южным границам кварталов 108, 109, затем направляется на север по восточным границам кварталов 109, 87, 64, 45, 30, 17, 5 до северо-восточного угла квартала 5 Гороховецкого военного лесничества.
3.10. Границы зоны охраны пойменных экосистем.
Граница зоны охраны пойменных экосистем начинается от юго-западного угла квартала 130 Заклязьминского участкового лесничества Вязниковского лесничества и проходит по левому берегу р. Лух до места её впадения в р. Клязьму. Затем граница проходит на запад по левому берегу р. Клязьмы до грунтовой дороги, связывающей д. Большие Удолы с р. Клязьмой в 0,5 км к западу от д. Липовская Усадьба. Потом граница идёт на север по дороге к д. Большие Удолы, огибая её с севера по берегу оз. Удольского, затем к д. Малые Удолы, огибает её с севера-востока. Далее граница зоны следует на север по правой стороне дороги с усовершенствованным покрытием д. Малые Удолы - д. Лужки до северной оконечности оз. Семахра, оттуда на северо-запад по мелиоративному каналу до юго-восточного угла квартала 46 Заклязьминского участкового лесничества Вязниковского лесничества. От этого угла граница поворачивает на восток и вдоль южной границы кварталов 46-48 проходит до пересечения с грунтовой дорогой д. Лужки - д. Ново. По этой дороге граница проходит до пересечения с восточной границей квартала 69, далее по границам кварталов 69 и 70 огибает с севера д. Ново и выходит к ручью Юхорец. По этому ручью граница спускается до места его впадения в оз. Великое, проходит по восточному берегу оз. Великого до юго-западного угла квартала 95. От этого угла граница поворачивает на восток и по южным границам кварталов 95, 106, 107, 117-119, 125, 120, 126 и по западной границе квартала 130 проходит до пересечения с р. Лух.