Текущее управление реализацией Программы осуществляет департамент сельского хозяйства и продовольствия администрации области, осуществляющий взаимодействие с Минсельхозом России по вопросам оперативного управления Программой, подписания соответствующих соглашений, финансирования программных мероприятий и т.д.
В ходе выполнения Программы департамент сельского хозяйства и продовольствия осуществляет взаимодействие с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации, федеральными министерствами и ведомствами, координирует работу исполнителей мероприятий в рамках отдельных разделов Программы.
Контроль за выполнением Программы осуществляют Губернатор и Законодательное Собрание Владимирской области. Департамент сельского хозяйства и продовольствия администрации области ежеквартально (до 25 числа) представляет информацию о реализации Программы в комитет по экономической политике администрации области.