Государственный комплексный природный заказник "Чистая вода" регионального значения расположен в Юрьев-Польском районе в 2-х км на юго-восток от н.п. Шихобалово на границе с Суздальским районом.
С северо-востока граница заказника проходит по автомобильной дороге н.п. Шихобалово - Гавриловское.
С восточной и южной стороны граница заказника совпадает с административной границей Суздальского и Юрьев-Польского районов и кроме того с южной стороны примыкает к действующему на территории Суздальского района природному заказнику регионального значения "Суздальская вода".
С западной стороны граница заказника поднимается на северо-запад по грунтовой дороге до пересечения с дорогой н.п. Андреевское - Тума и далее идет по ней до пересечения с автодорогой н.п. Шихобалово - Гавриловское.