3.1. В целях совершенствования форм комплексного управления, охраны и обеспечения устойчивого функционирования ИЛК на его территории устанавливается дифференцированный режим охраны с учетом природных, историко-культурных и иных особенностей.
3.2. Исходя из указанных особенностей, вся территория ИЛК делится на три функциональные зоны:
- зона усиленной охраны;
- заказная зона (зона заказного режима);
- рекреационная зона.
3.3. Границы зоны усиленной охраны.
Зона усиленной охраны площадью 76,50 га установлена в центре ИЛК. С северной стороны граница зоны усиленной охраны совмещается с границей заказной зоны и проходит вдоль северной ЛЭП, пересекающей территорию Боголюбовского луга с запада на восток. С восточной стороны зона усиленной охраны граничит с рекреационной зоной. С юго-западной стороны границей зоны усиленной охраны служит общая граница ИЛК.
3.4. Границы заказной зоны (зоны заказного режима).
Заказная зона (зона заказного режима) площадью 63,11 га располагается в северной части ИЛК и ограничивается с севера, востока и запада границами ИЛК. С южной стороны граница заказной зоны совмещается с границей зоны усиленной охраны. В границы заказной зоны включается земельный участок, примыкающий к церкви Покрова на Нерли, площадью 0,44 га. Северная, восточная и южная границы данного участка проходят по границе земель СПК "Новосельское". Западная и юго-западная границы земельного участка проходят по северо-восточному берегу старицы, расположенной у церкви Покрова на Нерли.
3.5. Границы рекреационной зоны.
Рекреационная зона площадью 30,48 га установлена в восточной части ИЛК, располагаясь в основном в водоохранных зонах и прибрежных защитных полосах р. Нерли и р. Клязьмы. Северная граница рекреационной зоны проходит по южной границе заказной зоны (вдоль северной ЛЭП) от точки пересечения этой ЛЭП с северо-восточным берегом старицы, расположенной у церкви Покрова на Нерли, до пересечения с р. Нерлью. Восточная и юго-восточная границы рекреационной зоны совпадают с общими границами ИЛК и проходят по правому берегу р. Нерли до устья, далее по левому берегу р. Клязьмы до места расположения бывшей паромной переправы через р. Клязьму. Южная граница рекреационной зоны начинается от места расположения бывшей паромной переправы через р. Клязьму и на расстоянии 170 м проходит по общей границе ИЛК. Далее граница проходит строго на север до пересечения с границей заказной зоны в точке пересечения северной ЛЭП с северо-восточным берегом старицы, расположенной у церкви Покрова на Нерли.