(в ред. закона Архангельской области от 27.04.2022 N 555-34-ОЗ)
В границы муниципального образования "Холмогорский муниципальный округ" входят территории деревень Аксеновы, Александровская, Александровская 1-я, Александровская 3-я, Амосово, Анашкино, Андриановская, Андрияновская, Антониево-Сийский Монастырь, Басалиха, Белая Гора, Белая Гора, Беличи, Бельково, Березник, Березник, Березы, Богоявленская Горка, Болото, Болото, Болото, Большая Вашкаранда, Большая Гора, Большая Товра, Большое Залесье, Большое Нижнее, Большое Село, Большой Наволок, Бор, Бор, Бор, Бор-Больница, Борковская, Борок, Боярская, Бросачиха, Бурмачевская, Буты, Бутырки, Бухоровщина, Бушково, Бушковы, Бызовы, Вавчуга, Варнавская, Васильевская, Вахново, Великий Двор, Великий Двор, Верхнее, Верхнее Заполье, Верхний Конец, Верхняя, Верхняя Горка, Верхняя Гора, Верхняя Паленьга, Винная Горка, Власьевское, Вождорма, Волково, Волость, Волость, Вороновское, Высокое, Гбач, Глухое, Голдобиха, Гольцово, Гора, Гора, Гора, Гора, Гора, Горка, Горка, Горка, Горка, Горка, Горка-Кузнечевская, Горка-Ладковщина, Горка-Рудаковская, Горончарово, Григоровская, Дальнее, Данилово, Даниловская, Демидово, Демидово, Демидовы, Демушино, Домачево, Донковы, Дорохово, Дублево, Дурасовская 1-я, Дурасовская 2-я, Елисеевская, Ельник, Ендюга, Ерзовка, Ждановы, Жилино, Жучково, Заболотье, Заборье, Заборье, Заборье, Заборье, Задворье, Задняя, Закода, Законокса, Залебедка, Залыва, Заозеро, Заозерье, Заозерье, Заполье, Заполье, Заполье, Заполье, Заполье, Заполье, Заполье, Заполье, Заполье, Заполье, Запольица, Заречка, Заречье, Заручевье, Заручевье, Заручевье, Заручевье, Заручевье, Заручей, Заручей, Зачачье, Земник, Золотка, Зуевщина, Ивановы, Ивлево, Ивойловская, Ильино, Ичково, Казаковщина, Калажма, Калитинская, Канзово, Кареньга, Карчево, Карьеры Нижние, Кашевариха, Кашино, Кельи, Кеницы, Кичижно, Клишовщина, Клубочиха, Кобылинская, Кожгора, Кожево, Кожинская, Кокарево, Кондратьевская, Конокса, Копачево, Копытово, Корзовы, Короли, Короткие, Коскошина, Косновская, Кочерино, Красная Горка, Красное Село, Красный Яр, Красный Яр, Крениха, Кривец, Кричевское, Кручинины, Крюк, Кудосмина, Кузнецово, Кузнецовы, Кузнецы, Кузнечиха, Кузомень, Кузополье, Кузьминская, Куково, Кулига, Кулига, Кулига, Кульмино Большое, Кульмино Малое, Курья Нога, Куст-Лындовская, Кутозерская, Кушово, Кязьмеш, Летняя, Леуново, Лохта, Лубянки, Луташи, Лыжино, Лысица, Макарово, Макары, Макары, Малая Вашкаранда, Малая Гора, Малое Залесье, Малое Нижнее, Малое Село, Малый Наволок, Марково, Марковская, Марилово, Матвеевская, Минеши, Мироново, Митревщина, Митрофановщина, Мурги 1-е, Мыза, Мыза, Мякурье, Наволочек, Надеиха, Надозеро, Надручей, Нестерово, Нефедьево, Неверово, Некрасово, Нижнее Заполье, Нижний Конец, Нижняя, Нижняя Гора, Нижняя Горка, Нижняя Паленьга, Низ, Низ, Никитины, Нифериха, Новая, Новина, Новинки, Новинки, Новинные, Новозатопляевская, Обухово, Оводовы, Одиночка, Одиночка, Околодок, Околодок, Оладовская, Орлецы, Орлово, Осередок, Осередок, Осередок, Осередок, Осередок, Осина Гора, Остров, Остров Гривы, Офролиха, Ощепково, Палишино, Пекишево, Первомайская, Перелесок, Перхуровская, Петрушевская, Печково, Плахино, Плесо, Побоище, Погода, Погост, Погост, Погост, Погост, Погост, Погост, Погост, Погост, Погост, Подборье, Подгор, Подгор, Подгорье, Подгорье, Подлесье, Подсосанье, Подсосанье, Подсосны, Понизовье, Поташевская, Почапы, Прилук, Пукшеньга, Пустошка, Пустыщи, Пухтаковка, Пятково, Разлог, Рембуево, Рехачевы, Речка, Рипалово, Романовская, Россохи, Рябиха, Семеновы, Сергеевщина, Сетигоры, Сивозерщина, Слободка, Смольниковская, Собино, Соснино, Спасская, Среднее, Среднеконская, Среднепогостская, Старая Мельница, Старозатопляевская, Старостины, Строительская, Ступино, Сурово, Сухарево, Сухие, Такшеево, Танашовщина, Тарасица, Тарасово, Таратины, Татаурово, Тегра Верхняя, Тегра Нижняя, Тегра-Осередок, Телепниха, Теребиха, Терентьево, Тереховское, Тихновская, Толокново, Третьяково, Трехновская, Труфаново, Тряпицыно, Узиково, Ульяново, Усолье, Устрека, Усть-Емца, Усть-Лындовская, Усть-Мехреньга, Фабрики, Фатеевы, Фелово, Филимоновская, Фомины, Харитоново, Харлово, Хвосты Старые, Хетка, Ходчино, Хомяковская, Часовенская, Часовня, Часовня, Часовня, Чащевка, Чащины, Чевакино, Чуга, Чупровщина, Чуроз-Гора, Чухарево, Чухча, Шеинская, Шепицы, Шидозеро, Шильцево, Шильцово, Шолково, Юра, поселков Белогорский, Брин-Наволок, Варда, Ваймужский, Зеленый Городок, Двинской, Казенщина, Липовик, Луковецкий, Малая Товра, Орлецы, Палово, Печки, Пешемское, Почтовое, Пукшеньга, Рожево, Светлый, Ступинских карьеров, Усть-Пинега, Челмохотской базы, сел Емецк, Ломоносово, Холмогоры, хутора Матера, железнодорожных станций Кеницы, Паленьга.