Используемая подземная вода в основном пресная, чаще с минерализацией 0,4-0,6 г/дм3, гидрокарбонатная магниево-кальциевая, реже сульфатно - гидрокарбонатная кальциевая с минерализацией 0,8-1 г/дм3. Около 40 водопользователей 80 скважинами эксплуатировали некондиционные подземные воды с минерализацией более 1 г/дм . Основными показателями, по которым вода не соответствует требованиям ГОСТ являются: повышенная общая жесткость, содержание железа, сульфатов, стронция, марганца и физические показатели (цветность, мутность). Присутствие в воде вышеперечисленных компонентов в концентрациях, превышающих ПДК, обусловлено природными факторами формирования гидрохимических условий эксплуатируемых водоносных горизонтов. Так для водоносного карбонатного комплекса верхнепермских отложений в южной части области характерно повышенное содержание железа (до 5-10 ПДК), выпадение которого при окислении в осадок обуславливает ухудшение органолептических показателей воды (мутность, цветность, вкус). С севера на юг (Мезень - Пинега - Карпогоры - Двинской Березняк - Коноша - Вельск), к узкой полосе казанско-татарских отложений, верхней перми, содержащих мелкие вкрапления целестина (вихтовская свита), приурочены локальные участки подземных вод с повышенным содержанием стронция стабильного (до 2-5 ПДК). Те и другие подземные воды требуют специальной водоподготовки. В то же время ухудшение качества воды по содержанию железа и органолептическим показателям зачастую происходит из-за безграмотной эксплуатации водозаборных скважин в течение длительного времени (отсутствие плановой профилактической чистки и прокачки скважин и разводящих водопроводных сетей). Содержание в подземных водах азотосодержащих компонентов н нефтепродуктов указывает на наличие поверхностных источников загрязнения и нарушение режима, установленного для ЗСО водоисточника (скважины).
По информации, представленной водопользователями, резкого ухудшения качества подземных вод в 1999 г. не наблюдалось. Вода из скважин групповых водозаборов по основным показателям соответствует СанПиН 2.1.4.559-96. Отклонения от норм но содержанию железа, марганца, стронция, а также по органолептическим свойствам (цветность, мутность) па водозаборах из подземных источников представлено в таблице 1.2.9. "Отклонение но нормативным показателям ГОСТ Р5 1232-98 и СанПиИ 2.14.559-96 в процентах от количества стандартных проб для подземных источников водоснабжения".