Одной из существенных проблем для Амурской области в водохозяйственной сфере является негативное воздействие вод. Это связано с тем, что населенные пункты области сосредоточены в основном вдоль крупных рек региона - Амур, Зея, Селемджа, Бурея, а также высоким уровнем хозяйственного освоения паводкоопасных территорий.
Повторяемость наводнений на реках области (включая малые) велика и колеблется от 56% до 98%, периодичность катастрофических наводнений один раз в 10 - 12 лет. Большие наводнения, такие как в 1956 - 1958, 1972, 1984 годах, охватывают одновременно огромные территории, причиняют значительный материальный ущерб. Среднегодовой ущерб от наводнений в Амурской области в ценах 2011 года оценивается в 940 млн. руб., а ущерб от катастрофических наводнений (аналогичных наводнению 1984 г.) - до 18,4 млрд. руб.
Значительный материальный ущерб объясняется отсутствием развитых и эффективных систем защитных сооружений, большинство которых возводилось в период прохождения паводков (1958, 1972, 1984 гг.) в экстренном порядке без разработки проектов, поэтому по своим параметрам они не соответствуют назначению и не могут рассматриваться как капитальные сооружения, пригодные для защиты населенных пунктов. В настоящее время частично или полностью размыто и разрушено 5,7 км построенных сооружений (15%), в неудовлетворительном состоянии находится 20 сооружений (23,71 км - 62%). Для обеспечения безопасных условий проживания населения, рационального использования территорий, подверженных угрозе наводнений, необходимо возвести 1124 км защитных дамб в 70 населенных пунктах.
Немаловажной проблемой для территории Амурской области является и интенсивный размыв берегов рек. Процесс разрушения берегов на селитебных территориях угрожает 137 населенным пунктам. В результате разрушения береговой полосы безвозвратные потери земель составляют до 10 кв. км в год.
В настоящее время в рамках федеральной целевой программы "Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года" реализуется лишь один проект по защите от паводков р. Амур в г. Благовещенск, что только частично решает проблему инженерной защиты промышленно-селитебных территорий области.
В ходе реализации подпрограммы предусматривается начало реализации дополнительно двух проектов по берегоукреплению р. Амур у с. Сергеевка, р. Зея у с. Владимировка, имеющих разработанную проектно-сметную документацию, а также разработку проекта по инженерной защите населенных пунктов по заявкам муниципальных образований.
К полномочиям субъектов Российской Федерации также относится решение вопросов обеспечения безопасности гидротехнических сооружений, расположенных на их территориях.
На 13 гидротехнических сооружениях, расположенных на малых водохранилищах, в рамках реализации природоохранных программ с 2001 по 2011 год проведен капитальный ремонт. В настоящее время на территории области находится 10 гидротехнических сооружений, требующих проведения соответствующих мероприятий по предотвращению возможных аварийных ситуаций.
Размещение, переработка и утилизация отходов производства и потребления являются серьезными экологическими проблемами в области. Из-за недостатка в области предприятий и полигонов по переработке, обезвреживанию и захоронению промышленных отходов продолжается накопление их на свалках, золоотвалах, карьерах, что отрицательно влияет на состояние окружающей среды.
В области скопилось до 9,3 млн. тонн различных отходов. Отсутствие полигона для захоронения токсичных промышленных отходов 1 - 2 классов опасности, мусороперерабатывающих предприятий с каждым годом обостряет проблему их утилизации.
В общем количестве отходов на начало 2011 года наибольший удельный вес (99,4%) составили отходы 5 класса опасности (практически неопасные), 0,4% - отходы 4 класса (малоопасные), 0,2% - отходы 1, 2, 3 классов опасности (чрезвычайноопасные, высокоопасные, умеренноопасные).
Только в некоторых районах области имеются лицензированные свалки бытовых отходов, с владельцами которых предприятия могут заключать договоры на сбор, транспортировку и размещение отходов.
Инфраструктура по переработке отходов в Амурской области только начинает создаваться. Сегодня она ориентирована на сельскохозяйственные отходы, отработанные автошины, аккумуляторы, нефтесодержащие и твердые бытовые отходы.
Частично решается проблема обезвреживания медицинских отходов, нефтесодержащих отходов, отходов фармацевтической продукции, лабораторных отходов и химикатов, отходов кислот, щелочей, отходов средств защиты растений, гальванических шламов, отходов оргтехники, компьютерной техники.
Для решения проблемы утилизации твердых бытовых отходов ведется строительство мусороперерабатывающего завода в г. Благовещенск. Данный проект финансируется в рамках федеральной целевой программы "Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года".
Также на территории области планируется построить завод по уничтожению опасных медицинских и биологических отходов, организовать участок для временного захоронения твердых токсичных отходов.
Информирование населения о состоянии окружающей среды на территории области играет положительную роль в вопросах привлечения общественности к экологическим проблемам области и совместных действий с представителями государственной власти соседних регионов по предупреждению экологических бедствий и охране окружающей среды. В связи с отсутствием финансирования данная работа в предыдущие годы велась на невысоком уровне.