Торговый порт города Благовещенска включает 3 рейда: рейд прибытия, рейд отправления, рейд грузовой международной переправы. В составе порта имеются два грузовых района.
Речной флот ЗАО "Торговый порт Благовещенск" осуществляет перевозки по рекам Амур, Зея, Селемджа, Сунгари, представлен судами количеством 110 единиц, способными перевозить различные виды грузов и осуществлять пассажироперевозки.