Текущий контроль за реализацией программы осуществляется министерством здравоохранения области.
Контроль ведется на основании государственной статистической отчетности, государственных контрактов и включает:
периодическую отчетность о реализации мероприятий программы;
контроль за целевым и эффективным использованием средств;
контроль за соблюдением сроков и качеством выполнения государственных заказов, объемов работ.
Исполнители отчитываются об использовании выделенных им средств и выполнении программы в соответствии с порядком, установленным государственным заказчиком.
Министерство здравоохранения области представляет в министерство экономического развития, промышленности и транспорта области ежемесячные, ежеквартальные, ежегодные итоговые отчеты о ходе и результатах реализации программы и эффективности использования бюджетных средств.