Управление и контроль над реализацией программы осуществляет государственный заказчик (координатор) - министерство образования и науки области.
Министерство образования и науки области:
представляет в установленном порядке информацию о ходе реализации программы и использовании финансовых средств в министерство экономического развития, промышленности и транспорта области;
вносит предложения по вопросам уточнения сроков реализации программы, продления или ее завершения в установленном порядке;
контролирует и анализирует выполнение программы;
корректирует перечень мероприятий на очередной финансовый год в случае сокращения объемов финансирования программы из областного бюджета;
разрабатывает и представляет на утверждение проект постановления Правительства области о распределении субсидий бюджетам муниципальных районов и городских округов.