Протяженность внутренних водных судоходных путей в области, по которым может осуществляться судоходство, составляет 2572 километра. Продолжительность навигационного периода - 150 суток на реках Бурея и Селемджа, 165 суток на реке Зея, 176 суток на реке Амур.
Предприятие внутреннего водного транспорта ОАО "Амурское пароходство" ЗАО "Торговый порт "Благовещенск" с начала 2010 года объединило в себе деятельность всех 4 портов области, которые являются его участками. Соответственно и коммерческая деятельность всех портов консолидировано ведется ЗАО "Торговый порт "Благовещенск.
В соответствии с настоящей программой предусмотрены субсидии на 2011 - 2015 годы в размере 45965,7 тыс. руб. на возмещение части затрат организациям, осуществляющим перевозки пассажиров и грузов водным транспортом:
речная паромная переправа в межмуниципальном сообщении "Свободный - Введеново";
речная паромная переправа в межмуниципальном сообщении "Благовещенск - Зазейский";
речная пассажирская линия в межмуниципальном сообщении "Благовещенск - Зазейский".
В соответствии с настоящей программой на софинансирование расходов для перевозки пассажиров и грузов на речных паромных переправах между поселениями в границах муниципального района предусмотрены субсидии бюджетам муниципальных районов на 2011 - 2015 годы в размере 17934,3 тыс. руб., в том числе для переправ:
Селемджинского района - в районе с. Селемджинск между п. Февральск и п. Стойба; в районе Паротурбины между п. Экимчан и п. Златоустовск (с. Ивановское и с. Ольгинск); в районе п. Коболдо между п. Огоджа и п. Коболдо;
Шимановского района - между поселениями Чагоян - Ураловка - Кухтерин Луг.