Общее руководство и контроль за ходом реализации программы осуществляет министерство природных ресурсов Амурской области.
Заказчик программы с исполнителями программных мероприятий заключают соглашения, договоры и проводят организационную работу по их выполнению в соответствии с документацией, регламентирующей порядок реализации программы.
Исполнители несут ответственность за выполнение мероприятий программы.
Заказчик программы в установленном порядке и сроки представляет в министерство экономического развития, промышленности и транспорта Амурской области отчеты о ходе реализации программных мероприятий.