Наиболее существенной проблемой для Амурской области в водохозяйственной сфере является негативное воздействие вод. Это связано с тем, что населенные пункты области сосредоточены в основном вдоль крупных рек региона - Амур, Зея, Селемджа, Бурея, а также высоким уровнем хозяйственного освоения паводкоопасных территорий.
Повторяемость наводнений на реках области (включая малые) велика и колеблется от 56% до 98%, периодичность катастрофических наводнений один раз в 10-12 лет. Большие наводнения, такие как в 1956-1958, 1972, 1984 годах, охватывают одновременно огромные территории, причиняют значительный материальный ущерб. Среднегодовой ущерб от наводнений в Амурской области в ценах 2009 года оценивается в 940 млн. руб., а ущерб от катастрофических наводнений (аналогичных наводнению 1984 г.) - до 18,4 млрд. руб.
Значительный материальный ущерб объясняется отсутствием развитых и эффективных систем защитных сооружений, большинство которых возводилось в период прохождения паводков (1958, 1972, 1984 гг.) в экстренном порядке без разработки проектов, поэтому по своим параметрам они не соответствуют назначению и не могут рассматриваться как капитальные сооружения, пригодные для защиты населенных пунктов. В настоящее время частично или полностью размыто и разрушено 5,7 км построенных сооружений (15%), в неудовлетворительном состоянии находится 20 сооружений (23,71 км - 62%). Для обеспечения безопасных условий проживания населения, рационального использования территорий, подверженных угрозе наводнений, необходимо возвести 1124 км защитных дамб в 70 населенных пунктах.
Немаловажной проблемой для территории Амурской области является и интенсивный размыв берегов рек. Процесс разрушения берегов на селитебных территориях угрожает 137 населенным пунктам. В результате разрушения береговой полосы безвозвратные потери земель составляют до 10 кв. км в год.
В настоящее время в рамках федеральной целевой программы "Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года" реализуется лишь два проекта по защите от паводков р. Амур (в с. Константиновка и в г. Благовещенск), что только частично решает проблему инженерной защиты промышленно-селитебных территорий области.
К полномочиям субъектов Российской Федерации относится решение вопросов обеспечения безопасности гидротехнических сооружений, расположенных на их территориях.
На 11 гидротехнических сооружениях, расположенных на малых водохранилищах, в рамках реализации природоохранных программ с 2001 по 2009 год проведен капитальный ремонт. В настоящее время на территории области находится 27 гидротехнических сооружений, требующих проведения соответствующих мероприятий по предотвращению возможных аварийных ситуаций.
Из-за дефицита средств в местных бюджетах муниципальными образованиями не ведется разработка проектной документации по предотвращению негативного воздействия вод на территории области, что обостряет вышеуказанные проблемы, а в дальнейшем будет препятствовать включению объектов и мероприятий в разрабатываемые федеральные целевые программы.
Кроме того, одним из факторов, ухудшающим экологическое состояние водных объектов в области, является сброс бытовых и производственных сточных вод в поверхностные водные объекты.
Уровень загрязнения водных объектов области неочищенными сточными водами остается высоким. В 2009 году произошло уменьшение сброса сточных, транзитных и других вод в природные поверхностные водные объекты по сравнению с 2008 годом на 3,8%. Общий объем сброса составил 89,9 млн. куб. м.
Из общего объема сброшенных сточных, транзитных и других вод в 2009 году в поверхностные водные объекты поступило 83,5 млн. куб. м. (92,9%.) загрязненных стоков. Уровень нормативно очищенных вод в объеме сточных вод в поверхностные водоемы составил 7,1%, что только на 0,7% меньше, чем в 2008 году.