Основными принципами формирования Схемы служат:
принцип приоритетов - ведущими приоритетами Схемы являются охрана редких видов растений, животных и среды их обитания. В отношении хозяйственно ценных видов приоритетными являются выделение и охрана мест их массового произрастания, а также сезонных и миграционных концентраций животных;
ландшафтный принцип (принцип комплексности) - границы ООПТ выделяются на ландшафтной основе, проходят с выделением речных бассейнов, представляющих единый естественно сложившийся комплекс. Наиболее предпочтительны территории, где наряду с редкими биологическими объектами под охрану принимаются хозяйственно ценные виды, а также достопримечательные участки ландшафтов;
принцип разумной достаточности - максимальная площадь заказника (других категорий ООПТ или их сети) определяется потребностью сохранения в оптимальных биотопах генетически обусловленного числа особей охраняемого вида, необходимого для успешного воспроизводства;
принцип гибкости режимов охраны - введение обоснованных ограничений режима природопользования в пределах, необходимых для выполнения природоохранных задач.
Выбор территорий, перспективных для создания ООПТ, осуществлялся на основе результатов полевых исследований, данных по распространению редких и исчезающих видов животных и растений, географическом анализе путей миграции и мест концентрации ценных в хозяйственном отношении животных и растений, анализе планов социально-экономического развития области.
Географический анализ, выделение территорий и площадей планируемых ООПТ осуществлялся в среде геоинформационной системы Агс01з 9.3 на основе топографических карт масштаба 1:100 000, лесоустроительных карт, карт-схем типологии охотничьих угодий.