Общее руководство и контроль за ходом реализации программы осуществляет координатор программы - министерство природных ресурсов Амурской области.
Заказчики программы с исполнителями программных мероприятий заключают соглашения, договоры и проводят организационную работу по их выполнению в соответствии с документацией, регламентирующей порядок реализации программы.
Исполнители несут ответственность за выполнение мероприятий программы.
Заказчики программы в установленном порядке и сроки представляют в министерство экономического развития, промышленности и транспорта Амурской области отчеты о ходе реализации программных мероприятий.