Общее руководство и контроль за ходом реализации программы осуществляет государственный заказчик программы. Государственный заказчик готовит:
проекты ведомственных нормативных актов по соответствующим проблемам;
проекты нормативных правовых актов органов исполнительной власти Амурской области по проблемам осуществления программы;
решения по отбору проектов и мероприятий для реализации в рамках программы;
предложения, связанные с корректировкой целевых показателей, сроков, исполнителей и объемов ресурсов по программе.
Государственному заказчику предоставлено право по данным систематического контроля и с учетом выделенных на реализацию программы финансовых средств ежегодно готовить предложения с уточнением целевых показателей, состава исполнителей и затрат по программным мероприятиям, поскольку недофинансирование и несвоевременное ресурсное обеспечение мероприятий могут привести к общей задержке достижения целей решения основных программных задач. Государственный заказчик, основываясь на данных контроля, может обратиться с предложением о продлении срока действия программы в целом.