Общее руководство и контроль за реализацией программы осуществляет управление по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира и среды их обитания Амурской области, которое является государственным заказчиком программы.
Государственный заказчик программы:
представляет в установленном порядке информацию о ходе реализации программы в министерство экономического развития, промышленности и транспорта Амурской области;
вносит предложения по вопросам уточнения сроков реализации программы;
анализирует выполнение программы;
корректирует перечень мероприятий на очередной финансовый год в случае сокращения объемов финансирования программы из областного бюджета;
на конкурсной основе заключает государственные контракты, обеспечивающие реализацию инвестиционных проектов и мероприятий в рамках программы, и осуществляет общий контроль за их реализацией;
осуществляет реализацию программных мероприятий.
Ежегодно проводится оценка эффективности реализации программы.