Общее руководство и контроль за целевым использованием бюджетных средств, а также за ходом реализации программы осуществляет министерство строительства, архитектуры и жилищно-коммунального хозяйства Амурской области в соответствии с его полномочиями, установленными законодательством Амурской области.
Государственному заказчику предоставлено право по данным систематического контроля и с учетом выделенных на реализацию программы финансовых средств ежегодно готовить предложения с уточнением целевых показателей, состава исполнителей и затрат по программным мероприятиям.