Управление реализацией программы осуществляется министерством сельского хозяйства области.
Министерство сельского хозяйства области обеспечивает согласованность действий по реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию средств федерального, областного и внебюджетных источников.
Необходимые для выполнения программы нормативно-правовые акты разрабатываются и принимаются в установленном порядке.
Реализация мероприятий программы осуществляется на основе заключенных соглашений между министерством сельского хозяйства области, органами местного самоуправления и хозяйствующими субъектами.
Министерство сельского хозяйства области представляет министерству экономического развития области ежемесячные, годовые и итоговые отчеты о ходе и результатах реализации программы и эффективности использования бюджетных средств.