Текущий контроль за реализацией программы осуществляется министерством здравоохранения области.
Контроль ведется на основании государственной статистической отчетности, государственных контрактов и включает:
контроль за целевым и эффективным использованием средств;
отчетность исполнителей о реализации программы;
контроль за соблюдением сроков и качеством выполнения государственных заказов, объемов работ.
В случае необходимости государственный заказчик программы вносит предложения по вопросам уточнения сроков реализации программы.
Исполнители отчитываются об использовании средств и выполнении мероприятий программы в соответствии с порядком, установленным Правительством Амурской области.
Министерство здравоохранения области представляет в министерство экономического развития области ежемесячные, ежеквартальные, ежегодные итоговые отчеты о ходе и результатах реализации программы и эффективности использования бюджетных средств.