Управление реализацией программы осуществляет министерство сельского хозяйства области.
Министерство сельского хозяйства области обеспечивает согласованность действий по реализации программных мероприятий, по целевому и эффективному использованию средств федерального, областного, муниципальных бюджетов и внебюджетных источников.
Министерство сельского хозяйства области представляет министерству экономического развития области ежемесячные, годовые и итоговые отчеты о ходе и результатах реализации программы и эффективности использования бюджетных средств.