Реализация программы осуществляется на основе выполнения государственных контрактов, соглашений о порядке взаимодействия с муниципальными образованиями и договоров на выполнение природоохранных мероприятий, предусмотренных программой. В 2006 году реализация программы производится в соответствии с приложением № 2.
(Абзац в редакции Закона Амурской области от 31 октября 2007 года № 416-ОЗ. - См. Предыдущую редакцию)
На каждый последующий год после проведения экономической и экологической экспертизы, оценки объектов и мероприятий на предмет соответствия полномочиям государственных органов исполнительной власти субъекта Российской Федерации, планируемых к включению в программу для последующей реализации, министерством природных ресурсов области будет разрабатываться перечень объектов и вноситься законодательным образом как дополнение к программе после принятия закона области об областном бюджете на очередной финансовый год.