Главным распорядителем бюджетных средств на реализацию программы является агропромышленный комитет Администрации области.
Средства областного бюджета в соответствии с порядком выплаты субсидий, ежегодно утверждаемым постановлением главы Администрации области, направляются в пределах фактически произведенных начислений и установленного лимита бюджетных обязательств на текущий год через районные управления (отделы администрации районов) сельского хозяйства сельхозтоваропроизводителям, занятым разведением племенного скота мясного направления, согласно приложению № 4.
Финансирование укрепления материально-технической базы гшемрепродукторов (строительство, капитальный ремонт и реконструкция производственных объектов, приобретение средств механизации животноводства и кормопроизводства) осуществляется на основании актов на выполненные работы и других документов, удостоверяющих использование средств на указанные цели, заверенных главой администрации района.
Расходы на приобретение племенных животных в местных хозяйствах-племрепродукторах финансируются на основании договоров, заключенных ими с агропромышленным комитетом Администрации области. Поставка племенных животных, приобретенных в племрепродукторах области, хозяйствам, занимающимся разведением мясного скота, осуществляется по договору, заключенному между агропромышленным комитетом Администрации области и хозяйством-получателем.
Финансирование расходов по поставке племенных животных и иной племенной продукции из других регионов Российской Федерации производится на основании счетов-фактур и договоров, заключенных агропромышленным комитетом Администрации области с организацией-поставщиком.
Завоз племенного материала из других регионов, его реализация, в том числе и из племрепродукторов области, производятся через федеральное государственное унитарное предприятие «Амургосплем».
Хозяйства, допустившие значительное отставание от среднеобластного уровня по основным критериям оценки результативности программы, нарушившие условия договора, приказом председателя агропромышленного комитета Администрации области выводятся из списка хозяйств, занятых реализацией программы, с передачей материальных ценностей, приобретенных за счет бюджетных средств, другим участникам программы.