Текущий контроль за реализацией программы осуществляется государственным заказчиком программы - комитетом по здравоохранению Администрации области.
Государственный заказчик программы с учетом выделенных на ее реализацию бюджетных средств и средств обязательного медицинского страхования ежегодно уточняет целевые показатели и затраты на программные мероприятия.
При необходимости государственный заказчик вносит в установленном порядке предложения об изменении или продлении сроков реализации отдельных программных мероприятий.
Контроль ведется на основании государственной статистической отчетности, заключенных договоров (контрактов, соглашений) и включает;
периодическую отчетность исполнителей о реализации программных мероприятий;
контроль за целевым и эффективным использованием выделяемых средств;
контроль за соблюдением сроков и качеством выполнения договоров (контрактов, соглашений), объемов запланированных работ.
Исполнители отчитываются об использовании выделенных им средств и выполнении программных мероприятий в соответствии с порядком, установленным государственным заказчиком.
Комитет по здравоохранению Администрации области проводит анализ, обобщение информации о ходе выполнения программных мероприятий и ежемесячно направляет в депертамент экономики Администрации области статистическую, справочную и аналитическую информации
Департамент здравоохранения Администрации области ежегодно направляет в финансовый департамент Администрации области доклады о ходе выполнения работ по программе и использовании финансовых средств.