Амурская область располагает значительными водными ресурсами, в первую очередь - поверхностными. По территории области протекают 2745 рек длиной более 10 км и 56220 рек и ручьев длиной до 10 км. Их общая протяженность составляет около 207 тыс. км. Большие реки длиной более 500 км: Амур, Зея, Селемджа, Гилюй, Бурея, Олекма, Нюкжа. По предварительным данным на территории области насчитывается свыше 300 озер с площадью зеркала более 10 га и 13 больших озер с площадью зеркала более 1 кв. км. Кроме того, в области построено 8 прудов (емкостью до 100 тыс. куб. м), 112 искусственных водохранилищ (без учета Зейского) суммарной емкостью более 126,44 млн. куб. м, из них 34 водохранилища имеют емкость более 1,0 млн. куб. м каждое. По данным инвентаризации 98 (или 87%) водохранилищ являются бесхозными, в том числе объемом меньше 1 млн. куб. м 20 и 3 объемом больше 1 млн. куб. м. Техническое состояние 29 водохранилищ является неудовлетворительным.
Ресурсы подземных вод на территории области оцениваются в 545 куб. м/с, распределены они по территории области крайне неравномерно. Забор воды из водных источников в 2000 году составил 151,19 млн. куб. м, в том числе из поверхностных - 53,5 млн. куб. м, из подземных - 97,7 млн. куб. м. Забор воды в 2000 году для хозяйственно-питьевого водоснабжения составил 64,72 млн. куб. м (или 172 литра в сутки на одного жителя области). Основными источниками хозяйственно-питьевого водоснабжения области являются подземные воды (76% от общего потребления). В области из-за большого количества брошенных и фонтанирующих скважин существует угроза загрязнения и ухудшения качества подземных вод.
Объем сброса сточных вод в поверхностные водные объекты в 2000 году составил 103,85 млн. куб. м, в том числе в р. Амур 32,53 млн. куб. м (30%). Из общего объема сточных вод нормативно очищенных сброшено только 8,55 млн. куб. м (менее 10%). По сравнению с прошлым годом общий объем сброса уменьшился на 4,89 млн. куб. м, но, несмотря на уменьшение объема сброса сточных вод, качество воды природных водных объектов остается на уровне прошлого года. Характерными загрязнениями р. Амура на всем протяжении в пределах области являются фенолы и соли тяжелых металлов: железа, меди, цинка.
Наряду с негативным фактором загрязнения водных источников большое значение для области приобретают мероприятия, направленные на борьбу с вредным воздействием вод, обусловленным наводнениями, размывом берегов, а также мероприятия, связанные с безопасной эксплуатацией гидротехнических сооружений водохранилищ и накопителей стоков.
Повторяемость паводков на реках области велика, за лето по Амуру проходят 3-4 дождевых паводка, пики которых на 5-8 м превышают наиболее низкие предпаводочные уровни. Интенсивность подъема воды на р. Амуре и р. Зее достигает 2,5-3,0 м/сут. За последние 100 лет на Верхнем Амуре (участок реки Амур от селения Покровки Читинской области до порта "Благовещенск") было 60 наводнений, из них 8 катастрофических, на Среднем Амуре (участок реки от порта "Благовещенск" до порта "Хабаровск") - 48, из них 7 катастрофических, на Зее - 80 наводнений, из них 6 катастрофических. Периодичность катастрофических наводнений составляет 10-12 лет. Согласно расчетам при уровнях 10-процентной обеспеченности затапливается примерно две трети ширины поймы, где расположены большие площади сельскохозяйственных угодий - 298 тыс. га, в т.ч. пашни 49,9 тыс. га. При больших и катастрофических наводнениях, вызываемых паводками 5-процентной и 1-процентной обеспеченности, затопление распространяется по всей ширине поймы и пойменным террасам, при этом частично или полностью затапливаются почти все населенные пункты, расположенные в зоне затопления, дороги, мосты, линии электропередач и линии связи. Общая площадь затопления - 592,5 тыс. га, в т.ч. сельхозугодий 255,4 тыс. га. В 1984 г. сложились такие неблагоприятные метеорологические условия, что паводки на реках Амур и Зея проходили одновременно. Наводнение нанесло громадный ущерб народному хозяйству и населению области. Общая площадь затопления составила 180 тыс. га. Было затоплено 128 населенных пунктов, в том числе 12 полностью, разрушены и повреждены 2801 км автодорог, 988 мостов и трубчатых переездов, 495 км линий электропередач, 896 км кабелей и воздушных линий связи, свыше 100 объектов промышленности, транспорта и сельского хозяйства.
Для сохранения построек и государственного имущества сооружены 43 км временных земляных дамб, в которые уложено 130 тыс. куб. м бутового камня и грунта. Временные дамбы, сооружаемые стихийно в период прохождения паводков для защиты населенных пунктов, не могут являться надежным средством предотвращения ущерба от наводнения.
С 1993 по 1999 годы из бюджетов всех уровней средства на водоохранные мероприятия не выделялись, в связи с чем прекращены водохозяйственные работы по программе защиты населенных пунктов от затопления и размыва берегов рек, тем самым проблему охраны и восстановления водных объектов обострили еще в большей степени.
В целях повышения эффективности противопаводковых мероприятий, которая во многом зависит от своевременного проведения относительно простых работ, программой предлагается разработать государственную территориальную программу защиты территории области от наводнений, выполнить разработку проекта защиты от паводковых вод р. Амура районного центра с. Константиновки с количеством жителей 6350 человек и ремонт напорных откосов плотин 4 водохранилищ с общим паводковым объемом около 20 млн. куб. м.
Для решения комплекса задач по охране природных вод от загрязнения, проведения предупредительных противопаводковых, берегоукрепительных мероприятий, проведения поисково-оценочных работ на подземные воды для хозяйственно-питьевого водоснабжения населенных пунктов с выделением первоочередных мероприятий предлагается реализация территориальной программы "Восстановление и охрана водных объектов Амурской области на 2002 год" в объеме 42626 тыс. рублей, которых будет все равно недостаточно для проведения даже первоочередных мероприятий.