2.1. Магдагачинский заказник выполняет функции поддержания целостности естественных природных комплексов, сохранения, воспроизводства и восстановления численности ценных в хозяйственном, научном и культурном отношениях видов диких животных.
2.2. На территории Магдагачинского заказника запрещаются:
2.2.1. Все виды охоты на диких животных.
2.2.2. Сетевой лов рыбы в весенний период на внутренних водоемах и водотоках.
2.2.3. Рубки главного пользования.
2.2.4. Рубки иных видов пользования без согласования с Амурохотуправлением.
2.2.5. Движение всех транспортных средств вне дорог общего пользования.
2.2.6. Проведение неконтролируемого выжигания естественной растительности.
2.2.7. Распашка земель, кроме нужд охотничьего и лесного хозяйств.
2.2.8. Предоставление земельных участков под застройку, а также коллективное садоводство и огородничество без согласования с Амурохотуправлением.
2.2.9. Разработка полезных ископаемых без согласования с Амурохотуправлением.
2.2.10. Устройство привалов, бивуаков, туристических стоянок и лагерей, иные формы отдыха населения без согласования с Амурохотуправлением.
2.2.11. Строительство зданий и сооружений, дорог, трубопроводов, ЛЭП и прочих коммуникаций без согласования с Амурохотуправлением.
2.2.12. Сенокошение, пастьба скота без согласования с Амурохотуправлением.
2.2.13. Сбор дикоросов и лектехсырья без согласования с Амурохотуправлением.
2.2.14. Сбор зоологических, ботанических, минералогических коллекций и палеонтологических объектов без согласования с Амурохотуправлением.
Территория и режим Магдагачинского заказника учитываются при разработке территориальных комплексных и целевых программ и схем социально-экономического развития, схем и проектов землеустройства, схем районной планировки, проектов землеустройства, водохозяйственных балансов.
На территории Магдагачинского заказника проводятся противопожарные и лесохозяйственные мероприятия.