Управление средствами фонда и проведение финансовых операций в пределах утвержденных статей расходов осуществляются государственным учреждением, управляющим дорожным хозяйством области.
Текущий контроль за полнотой сбора, эффективным и целевым использованием средств фонда осуществляет правление фонда. Положение о правлении фонда и его состав утверждаются Главой Администрации области.
В состав правления фонда входят:
руководители комитетов по промышленности, транспорту и связи, экономики, по архитектуре и строительству Администрации области;
представители государственного управления "Амурупрадор", Амурского отделения Российской транспортной инспекции (по согласованию), областного Совета народных депутатов (по согласованию);
Контроль за финансовой деятельностью осуществляет контрольно-счетная палата области.