1. Разработка, утверждение и реализация Федеральной программы образования в части среднего профессионального и высшего образования.
2. Согласование Уставов подведомственных высших учебных заведений (далее - вузов) в части, определяемой законодательством Российской Федерации.
3. Утверждение избранных учеными советами кандидатур ректоров вузов (если иное не предусмотрено Уставом вуза).
4. Установление контрольных цифр приема студентов на обучение за счет средств бюджета Российской Федерации.
5. Централизованное бюджетное финансирование вузов, обеспечивающее по установленным нормативам государственный образовательный стандарт подготовки специалистов в пределах контрольных цифр приема студентов, а также финансирование научных исследований.
6. Осуществление в установленном порядке лицензирования, аттестации и государственной аккредитации учебных заведений среднего, высшего, послевузовского профессионального и соответствующего дополнительного образования.
7. Аттестация научно-педагогических работников вузов региона в части присвоения ученых званий доцента и профессора.
8. Издание нормативных документов в рамках своей компетенции и контроль их исполнения.
9. Контроль исполнения законодательства Российской Федерации в области образования, государственных образовательных стандартов, бюджетной и финансовой дисциплины подведомственных вузов.
10. Госкомвуз России выполняет и другие управленческие функции в отношении вузов, возложенные на него Правительством Российской Федерации.