Управление Программой осуществляется государственным заказчиком. Государственный заказчик Программы:
осуществляет взаимодействие с Министерством природных ресурсов и экологии Российской Федерации и Федеральным агентством водных ресурсов, а также заинтересованными исполнительными органами государственной власти Удмуртской Республики;
вправе создавать координационный совет для эффективной реализации Программы, формируемый из представителей заинтересованных исполнительных органов государственной власти Удмуртской Республики, научных организаций и независимых экспертов. Положение о координационном совете, его состав и регламент работы утверждаются Министерством природных ресурсов и охраны окружающей среды Удмуртской Республики;
вправе вносить предложения о внесении изменений в Программу в соответствии с законодательством;
подготавливает и направляет в Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации, Федеральное агентство водных ресурсов, Министерство экономики Удмуртской Республики ежеквартально и ежегодно отчеты с пояснительной запиской о ходе реализации Программы. Отчеты формируются с учетом актуальных данных о состоянии ГТС, представляемых органами местного самоуправления в Удмуртской Республике.