Контроль за реализацией Программы осуществляют Министерство здравоохранения Удмуртской Республики (государственный заказчик - координатор Программы) и Главное управление ветеринарии по Удмуртской Республике (государственный заказчик Программы) в соответствии с законодательством.
Государственные заказчики и исполнители Программы осуществляют подготовку и представление в установленном порядке справочно-аналитической информации и ежегодных докладов о ходе реализации мероприятий Программы и эффективности использования финансовых средств.