Организацию управления Программой осуществляет Министерство здравоохранения Удмуртской Республики на основании программных мероприятий согласно установленным срокам и объемам финансирования на их исполнение.
Министерство здравоохранения Удмуртской Республики руководит профессиональными аспектами реализации программных положений в соответствии с законодательством, приказами, нормативно-инструктивными и методическими материалами.
Министерство здравоохранения Удмуртской Республики с учетом выделенных на реализацию Программы бюджетных средств ежегодно уточняет целевые показатели и затраты на программные мероприятия, при необходимости вносит в установленном порядке предложения об изменении или продлении сроков реализации отдельных программных мероприятий.
Министерство здравоохранения Удмуртской Республики представляет в Правительство Удмуртской Республики и Министерство экономики Удмуртской Республики отчет о реализации Программы за прошедший финансовый год в установленные ими сроки.