Управление реализацией Программы осуществляется Министерством здравоохранения Удмуртской Республики.
Министерство здравоохранения Удмуртской Республики как государственный заказчик Программы совместно с Министерством экономики Удмуртской Республики, Министерством финансов Удмуртской Республики и другими заинтересованными органами исполнительной власти Удмуртской Республики осуществляют контроль за ее выполнением.
Ежегодно на заседаниях коллегии Министерства здравоохранения Удмуртской Республики рассматриваются вопросы о ходе реализации программных мероприятий и об эффективности использования финансовых средств.