Для осуществления контроля над ходом выполнения мероприятий Программы по условиям договора исполнители предоставляют Министерству сельского хозяйства и продовольствия Удмуртской Республики ежеквартальные отчеты о ходе работ. Кроме этого, ход выполнения мероприятий Программы ежегодно рассматривается на коллегии Министерства сельского хозяйства и продовольствия Удмуртской Республики.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Удмуртской Республики обобщает и анализирует отчеты и в установленном законодательством Удмуртской Республики порядке отчитывается о выполнении Программы перед Правительством Удмуртской Республики.
С учетом выделяемых на реализацию Программы средств ежегодно уточняются целевые показатели, мероприятия, организуется оформление бюджетных заявок и соответствующих договоров с исполнителями, что позволяет гибко реагировать на возможные изменения ресурсного обеспечения, базовых правовых актов, приоритетных направлений реформирования агропромышленного комплекса Удмуртской Республики.
Задачей государственного контроля над реализацией Программы является обеспечение выполнения предусмотренных в ней мероприятий, соблюдения исполнителями требований законодательства, условий соответствующих договоров.
Контроль за реализацией Программы и эффективностью использования средств осуществляют: Министерство сельского хозяйства и продовольствия Удмуртской Республики, Министерство экономики Удмуртской Республики, Министерство финансов Удмуртской Республики.