Счетную палату возглавляет председатель Счетной палаты. Председателем Счетной палаты может быть назначен гражданин Российской Федерации, не имеющий гражданства иностранного государства либо вида на жительство или иного документа, подтверждающего право на постоянное проживание гражданина Российской Федерации на территории иностранного государства, имеющий высшее экономическое или юридическое образование и опыт профессиональной деятельности в области государственного управления, государственного контроля, экономики, финансов.
Председатель Счетной палаты назначается на должность областной Думой сроком на пять лет. Решение о назначении председателя Счетной палаты принимается областной Думой большинством голосов от числа избранных депутатов областной Думы. Кандидатура председателя Счетной палаты вносится на рассмотрение областной Думы председателем областной Думы.
По истечении срока полномочий председатель Счетной палаты продолжает исполнять свои обязанности до назначения вновь избранного председателя Счетной палаты.
Председатель Счетной палаты:
осуществляет руководство деятельностью Счетной палаты и организует ее работу в соответствии с настоящим областным законом;
представляет Счетную палату в органах государственной власти Российской Федерации, органах государственной власти области, общественных и иных организациях;
представляет областной Думе годовые отчеты о работе Счетной палаты;
распределяет обязанности между заместителем председателя и аудиторами Счетной палаты, утверждает положения о структурных подразделениях Счетной палаты и должностные обязанности работников;
утверждает штатное расписание в пределах установленных областной Думой численности и фонда оплаты труда, а также бюджетную смету на содержание Счетной палаты в пределах утвержденных на соответствующий период бюджетных ассигнований;
осуществляет в пределах своей компетенции иные полномочия, предусмотренные федеральным и областным законодательством.
Председатель Счетной палаты во исполнение возложенных на него полномочий издает приказы, назначает на должность и освобождает от должности аудиторов Счетной палаты, осуществляет прием и увольнение работников аппарата Счетной палаты, заключает хозяйственные и иные договоры.
Председатель Счетной палаты, а в его отсутствие заместитель председателя Счетной палаты, имеет право присутствовать на заседаниях областной Думы, принимать участие в работе комитетов областной Думы, а также в иных мероприятиях, проводимых областной Думой, исполнительными органами государственной власти области.
Должность председателя Счетной палаты является государственной должностью Новгородской области.