Государственный санитарно-эпидемиологический надзор на территории области осуществляет Государственная санитарно-эпидемиологическая служба Российской Федерации.
Учреждения государственного санитарно-эпидемиологического надзора, функционирующие на территории Новгородской области, входят в состав Государственной санитарно-эпидемиологической службы Российской Федерации.
Руководство Государственной санитарно-эпидемиологической службой в области осуществляет главный государственный санитарный врач по области, в соответствии с законодательством.