Комитет возглавляет председатель комитета, заместитель начальника главного управления здравоохранения Оренбургской области.
Председатель Комитета назначается на должность и освобождается от должности начальником главного управления здравоохранения Оренбургской области.
Должностные лица Комитета назначаются на должность и освобождаются от должности председателем комитета, их оклады и продолжительность ежегодного оплачиваемого отпуска устанавливаются применительно к условиям труда государственных служащих Оренбургской области.
Председатель комитета несёт ответственность за качественное и своевременное выполнение возложенных на Комитет задач и функций.
Ответственность, права и обязанности должностных лиц Комитета устанавливаются должностными инструкциями, утверждаемыми председателем Комитета.