5.1. ГУЗО возглавляет начальник, назначаемый и освобождаемый от должности главой администрации области, на время его полномочий, по согласованию с Министерством здравоохранения и социального развития Российской Федерации. (в ред. указа от 5.09.05 г. № 95-ук)
5.2. Первый заместитель начальника ГУЗО назначается и освобождается от должности распоряжением главы администрации области.
5.3. Начальник ГУЗО осуществляет руководство на основе единоначалия:
5.3.1. Несет всю полноту ответственности за деятельность управления.
5.3.2. Действует без доверенности, от имени управления представляет его во всех учреждениях и организациях.
5.3.3. Назначает и освобождает от должности руководителей государственных (областных) учреждений здравоохранения, образовательных учреждений здравоохранения.
5.3.4. Назначает и освобождает от должности в соответствии с трудовым законодательством работников управления и его подразделений.
5.3.5. Проводит согласование назначения и увольнения главных врачей: центральных районных больниц; центральных городских больниц в городах Бузулуке, Бугуруслане, Медногорске и руководителей органов управления здравоохранением городов Оренбурга, Орска, Новотроицка.
5.3.6. Осуществляет координацию деятельности органов управления здравоохранением по вопросам диагностики, лечения и профилактики заболеваний, а также по другим вопросам, отнесенным к его компетенции.
5.3.7. Издает приказы, инструкции, методические рекомендации, разъяснения и дает указания на основе и во исполнение законодательства Российской Федерации, подлежащие обязательному исполнению учреждениями государственной и муниципальной системы здравоохранения, предприятиями медицинского профиля, организует и проверяет их исполнение.
5.3.8. Распределяет обязанности между заместителями начальника и руководителями структурных подразделений управления.
5.3.9. Утверждает в пределах установленной численности и фонда оплаты труда работников управления штатное расписание, положения о структурных подразделениях, а также смету расходов на его содержание в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований.
5.3.10. Дает разрешение в форме приказа на оказание платных медицинских и образовательных услуг областными учреждениями здравоохранения, образовательными учреждениями, центральными районными и городскими больницами.
5.4. В ГУЗО образуется коллегия в составе начальника (председатель коллегии), его заместителей (по должности), руководящих работников управления, других ведомств и организаций Оренбургской области. Количественный состав - 17 человек. Члены коллегии утверждаются распоряжением главы администрации области.
Коллегия рассматривает основные вопросы деятельности отрасли здравоохранения. Решения коллегии реализуются приказами начальника ГУЗО. В случае разногласий между начальником и членами коллегии начальник самостоятельно принимает решение, докладывая о возникших разногласиях администрации области.
5.5. ГУЗО осуществляет возложенные на него функции как непосредственно, так и через органы власти, а также органы и учреждения здравоохранения городов и районов.