В тех случаях, когда пользование недрами связано с повышенной опасностью для жизни и здоровья людей, работающих или проживающих в зоне ведения работ, связанных с пользованием недрами, значительным экологическим риском в процессе пользования недрами, в лицензии предусматриваются два этапа.
На первом этапе в установленный в лицензии срок ее владелец ведет подготовку проекта использования недр и его согласование с соответствующими органами с целью определения соответствия разработанного проекта стандартам (нормам, правилам) по безопасному ведению работ и экологической безопасности. При необходимости производится уточнение границ горного отвода и земельного участка.
На втором этапе осуществляется реализация согласованного проекта в соответствии с условиями лицензии. Проведение работ, связанных с пользованием недрами, до согласования проекта разработки запрещается.
Разрешение на право пользования недрами для добычи общераспространенных полезных ископаемых с целью производства строительных материалов может не предоставляться при условии возможности использования отходов горнодобывающего и иных производств, являющихся альтернативными источниками сырья.