Суммы платы зачисляются в бюджет Оренбургской области в соответствии с законодательством российской федерации и Оренбургской области.
При пользовании водными объектами, расположенными на территориях двух и более субъектов Российской Федерации, указанные суммы платы вносятся в бюджет субъекта Российской Федерации по месту регистрации плательщика с последующим их распределением между бюджетами тех субъектов Российской Федерации, на территории которых находятся водные объекты. при этом доля поступлений сумм платы в бюджет соответствующего субъекта Российской Федерации определяется бассейновыми соглашениями между субъектами Российской Федерации.
Средства от платы полностью используются на финансирование программы водоохранных мероприятий, которая разрабатывается комитетом природных ресурсов по Оренбургской области и утверждается Законодательным Собранием Оренбургской области.